Departamenti i Dokumentimit është një njësi organizative e rëndësishme brenda IKKL-së, e cila përfshin tri divizione kryesore: Divizioni i Mbledhjes, Divizioni i Verifikimit dhe Divizioni i Përpunimit dhe Arkivimit. Çdo divizion ka rol të veçantë në realizimin e misionit të departamentit, duke siguruar një qasje të koordinuar dhe efikase në menaxhimin e informacionit;
Drejtori i Departamentit të Dokumentimit ka përgjegjësinë të raportojë drejtpërdrejt te Drejtori Ekzekutiv i IKKL-së, duke garantuar kështu një lidhje të ngushtë dhe të efektshme mes niveleve të menaxhimit. Me një staf prej tridhjetë (30) profesionistësh, Departamenti i Dokumentimit angazhohet për të ofruar një kontribut të vlefshëm në studimin dhe dokumentimin e krimeve të kryera gjatë luftës në Kosovë.